La historia gira en torno a un joven llamado Kensuke Nimura y su habilidad para ver fantasmas. Su vida se complica aún más cuando salva la vida de Kagura, una muchacha que esta trabajando para una organización secreta del gobierno para combatir a los espíritus.
Así Kensuke aprenderá acerca de los Ga-rei, bestias espirituales que pueden utilizarse como armas para combatir, y se enlistará en la Agencia. El shönen de Ga-Rei, The Enchained Spiritual Beast Ga-Rei en el original, gira en torno a las peleas contra fantasmas y seres malignos, y cuenta actualmente con dos arcos argumentales claramente diferenciados.